Das Storchennest ist ein theologischer Roman in Form von Briefen und Tagebuchnotizen. In einem Kloster findet Gabriel ein mysteriöses Buch, das seine bisher festgefügte theologische Weltsicht im Innersten erschüttert. Was er liest, macht ihm Angst und fasziniert ihn zugleich. Mit seinen Briefen bezieht er Maria in das Geheimnis mit ein. Gemeinsam gehen sie Schritt für Schritt ins Unbekannte. Die Rahmenhandlung des Romans ist fiktiv, die beschriebene geistige Entdeckungsreise trägt autobiographische Züge.